Elle a été créée par Mademoiselle Ernestine Provin qui, à la suite d'une enfance douloureuse, décide de s'occuper de jeunes fdilles en difficulté en les prenant en charge matériellement et en leur donnant une bonne formation professionnnelle.
Elle fonde, à Grenoble, un orphelinat-pensionnat.
Ce foyer devenu trop petit, elle recherche de nouveux locaux. C'est un riche médecin qui lui propose une grande propriété à Saint-Egrève à la seule condition que l'on donne à cet établissement le nom de sa défunte épouse, d'où le nom Villa-Hélène.
Cette école s'installe en 1903 dans ses nouveaux locaux situés rue du Cotaire, à Saint-Egrève.
Elle s'ouvre aux garçons en 1975.

L'école est toujours la propriété de l'institut Provin.